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南明政权主要是弘光政权，隆武政权，绍武政权，永历政权。

至于后面的台湾岛上明朝政权则属于是明郑政权。

1661年，南明延平王郑成功率军东征，驱逐荷兰殖民者，收复台湾。他将台湾改称东都，赤崁地方更名“东都明京”，设承天府，仿明朝中央官制设六官，府下置天兴、万年二县。

郑成功在东南沿海坚持抗清，势力不断发展壮大，成为南明政权对抗清朝的重要力量。他先后取得了诸多军事胜利，如大败清闽浙总督陈锦、漳州提督杨名高，收复了金门、厦门等岛屿，以此为根据地，持续开展抗清活动，其军事成就和影响力为他获得封王奠定了基础，永历帝根据大臣冷孟銋的提议，决定以延平一府封郑成功，着礼部铸延平王印并册一道，郑成功由此正式被封为延平王。

郑成功去世后，其子郑经继位，改东都为“东宁”。

1662年永历帝被吴三桂绞杀后，明郑政权虽仍使用永历年号一段时间，但此时已无实际的南明皇帝在位。

此后明郑政权在台湾实际上处于半独立状态，以延平王府为核心进行统治，郑经等统治者未再拥立其他明朝宗室为帝，也没有自己称帝，而是继续以延平王的名义管理台湾事务。

没有皇帝，可以说后面都可以不算是南明了，只能算是由郑氏统治的地盘，最终在1683年，清军在施琅的率领下进攻台湾，郑克塽投降，明郑政权覆灭，台湾进入清治时代。